平叛早就准备充分，所以叛军声势大、人员多，但还没来得及大破坏就被剿灭。
京军征讨兵团、保定军、蓟镇军、京军宪兵军团总计三万五千平叛大军，与八月中旬抵达山东开始平叛，迅速横扫山东、两淮大运河两岸。
清剿白莲教驻守在兖州、曲阜、郯城等地的余部，很快控制了山东境内大运河两岸的广大地区。
并且协同山东各地营兵、卫所兵对德州、彬州、淄博、潍坊、济南、泰安、临沂、济宁、菏泽、枣庄、两淮地区进行拉网式的搜索、缉拿。
这次是三万多平叛军与地方营兵、卫所兵、地方政府联合行动，张维贤、王在晋、洪承畴领衔，从济宁新提拔上来的山东巡抚安、济南府总兵起到了重要作用。
政府官员，驻军营兵、卫所兵出现了许多表现良好的官吏、军吏，这些人都被登记在册作为提拔的对象。
也有隐藏白莲教首领及其盐商叛匪的官员被抓获，对于隐藏在百姓家里的叛匪，经过宣传、举报、监督、奖励、严惩等措施逐渐被发现一一抓获。
通过稽查发现白莲教众有成片性规律，家族性、村镇性、裙带性、地区性比较严重，自然包庇隐藏成了普遍现象。
参加叛乱的白莲教只是少数，没有参加叛乱的白莲教教徒在山东就有几十万，这些人可以说是受害者。
朱由校的对策是：对他们进行监督改造，如果继续危害社会就格杀勿论。如果他们包庇叛乱分子，就抓去劳教。
捉拿白莲叛军、大盐商、大地主、一批官吏，主要头目百余人。
一个月扫平十三万三千白莲教与盐商叛军，杀敌1万，自损500。
俘虏超过10万，还有三万多叛匪不知下落，有些人跑到山里去了，也许会成为土匪，还需继续追捕。
也有人跑到河北去了，更多的跑到两淮盐场煮盐去了，也有的去做苦力给外地地主当长工去了。
追捕工作任重道远，这些人均是社会不安定因素，必须肃清。
缴获粮食500万石，盐、白银、衣物、木材等。还有盐商在运河两岸、两淮的产业均要成为劳改犯安置的场所。
这次的收获远比京城平叛抄家大得多，关键是大运河成了南北方产业升级的桥头堡，将来的作用不可估量。
时间已至九月中旬，朱由校立刻让征讨兵团开赴登莱，保定军、蓟镇军继续追查逃犯，南京也派兵北上控制局势。
半月前一半京军驻扎军团已经去天津渡海了；再半个月后保定军、蓟镇军就要就要从天津渡海了；一个月后自己就要带着京军宪兵军团在天津渡海了。
海船把人运到三岔河入海口再换船，内河逆水行船慢，运输能力有限，许多人必须半路下船步行走二百里到四百里到沈阳。
朱由校继续南下，坐镇扬州处理好两淮、扬州的重新整顿事宜。
这就是挟大胜之威，让江南接受自己的改革。
......
努尔哈赤也在扩大他的成果。
留守的代善虽然开始瞎搞，但是精通谋略，在几个儿子里战绩还是最大的，让他镇守萨尔浒还是放心的，即使熊廷弼想要进攻萨尔浒，他能动用的兵力超不过八万。
只要守好山谷、破坏道路，足以拖到自己带八旗主力与科尔泌主力回援。
熊廷弼虽然狡猾多端，在萨尔浒山区后金就是主场，只要不进攻只防守就会立于不败之地，代善会充分利用地形防守。
努尔哈赤与科尔沁蒙古联合出兵，规模势大还一人三马，行动非常迅速。仅一个月的时间，东部草原上的弱小部落纷纷被吞并，科尔沁蒙古滚雪球式的不断壮大。
漠南蒙古以察哈尔蒙古的林丹汗为尊，之前科尔泌倒向后金就违背了他的安排，这回吞并草原东边各个小部落，前前后后已有数万人、十几万牛羊被吞并，科尔泌的势力已经达到林丹汗的一半了。
后金的入侵彻底打破了平衡，现在科尔沁蒙古在后金的帮助下收服了这些中间势力，直接威胁到了察哈尔蒙古的安危。
林丹汗大怒，他决定出兵讨伐科尔泌。
哪怕后金努尔哈赤亲自到了草原，但山地作战是一回事，草原是另外一回事，他决定教训林丹汗。
九月底，察哈尔林丹汗亲自率领七万骑兵东来，试图击退后金与科尔沁蒙古联军，甚至做好了持久战的准备，他还带来了几十万头牛羊作为充足的军粮。
从人数上看林丹汗的人数占优，他信心十足满以为一战就能把后金与科尔沁联军打得落花流水。
林丹汗把他的七万骑兵分成左、中、右三路，左右两路各两万包抄，自己率领三万主力冲击敌人中军。
努尔哈赤把他的一万二千正黄旗以及四千汉人和六千科尔沁蒙古军放在正面步战；莽古尔泰六千正蓝旗和一万科尔沁蒙古军放在北路；皇太极六千正白旗和一万科尔沁蒙古军放在南路。
三路几乎同时接战，中路林丹可汗数量虽多，经不起正黄旗与科尔沁蒙古军下马排队射箭、又有汉人用兵弓胡乱射，密集的箭雨逼停了察哈尔骑兵，后面的骑兵相互拥挤乱了套。
反过来林丹汗蒙古轻骑兵，却根本射不过重甲八旗兵。
南北两路虽然比对方各多了四千骑兵，可是不光对射射不过重甲八旗兵，骑兵战也打不过。
后金的战马批了重甲，人更是全副武装，冲锋、骑射、步射、步战转换自如。后金军莽古尔泰、皇太极又骁勇善战，一个对冲就被后金骑兵穿透。
然后与科尔沁蒙古骑兵东西夹击，察哈尔林丹汗大败，察哈尔蒙古军向西退回了自己的领地。
努尔哈赤还直接发挥自己和科尔泌一人三马的优势，穷追不舍上百里，打得林丹汗连夜逃窜都没法收拢败兵、部众和牛羊。
等到几天后，逃出500里再清点损失，没了上万骑兵，损失牛羊30万。
林丹汗知道自己不是努尔哈赤的对手，回去后斩杀了几个劝自己与后金贸易的亲信，不敢再东进，科尔泌部自此壮大。
时间已至10月底，草原开始冷了，努尔哈赤思索着冬季要与熊廷弼大战，旗丁衣服单薄，再不走就要非战争减员了。
缴获这么多马匹、俘虏和牛羊，建奴和科尔泌信心十足。