宝岛如果不出预料，现在已经被倭国、西班牙和尼德兰都给盯上了。历史上这三拨人都是实际登上宝岛并试图占领的敌人。
当然西班牙最早，选择是北边，但是由于三十年战争很快就无财力维持，又被尼德兰攻打而撤出。
尼德兰选择南部为主，并且建立了热兰遮要塞，并且进驻殖民地武装、雇佣兵和舰队，还攻打征服岛上的大肚王国。最后被郑成功一举击败并攻破，最后永远撤离宝岛。
朱由校这回打算好好准备好澎湖海战和宝岛保卫工作，直接不让尼德兰人在岛上站住脚。
最后是倭国人，其实尼德兰在东方只有巴达维亚一个大城市，本身的欧洲兵力只有几千人，剩下的大量使用土著兵和倭国雇佣兵，尼德兰人的武装有一批就是倭国兵。
而且倭国在后面哪怕是幕府时期，萨摩岛津家也在大明灭亡之际控制了琉球，一直觊觎着宝岛。后面一有机会崛起，就付诸了实践。
另外，只要有西洋其他强国试图在东方扩大力量，除了联倭，还有两招就是攻占安南和攻占宝岛。
后世连海上力量一直非顶级的法兰西都同时做了这两件事。
朱由校一想这件事，就觉得要从现在做好，否则强盗不绝如缕，都盯着那。
“孙承宗。”
“臣在。”
“朕给你一个指导建议，那就是在宝岛的北、西、南三地各建一个大型要塞，三个要塞除了修建海港还要修建道路保障首尾相连。
中间和东边山区要团结好大肚王国等土著，本地土著的土地不要去争，要以大明的物资和文化潜移默化影响，互相贸易做好团结，决不能让倭国、尼德兰海盗拉拢土著反对我们。”
“臣遵旨。”
讨论之后，安排工部去专门做好宝岛的要塞、海港和道路规划修建。福建巡抚南居益加职户部侍郎，直接分出月港收入的一成，用于扩大福建陆上与澎湖、宝岛之间的航线往来。
工部再次承担重任，孙承宗、徐光启二人那是干劲十足，深知天启皇帝对他们期待有多高。
老尚书黄克缵虽然七十岁了，还兼任着刑部尚书，却也是精神都不输年轻人。
“吾师大司徒，朕一直都在给吾师增加职务，却没给您更高的荣耀，这是学生的过失啊。”
黄克缵立刻回道：“陛下已经很厚爱老臣啦，老臣可不敢居功自傲啊。”
朱由校继续道：“这次辣椒是你们三人引进和推广，福建、南直隶都有推广种植，未来朕打算继续引种更多优秀作物。虽然户部该负责此事，但是终究是关键人发挥关键作用。
大司徒介绍了许多种过辣椒的人，徐爱卿专门研究了美洲作物和在江南地区的试种和培育，孙爱卿则把它在北方专门介绍。没有你们，这种来自美洲的美味，可没法推广这么快。”
黄克缵是福建人，早就注意雇佣福建出过海的工匠、农民和商人，引入辣椒并推广他有开创作用。徐光启更不用说，除了天文、历法、火器和数学，农业方面的成就也数他特别突出。这次辣椒的培育种子，尤其是能大面积在华夏推广种植，有他的持续努力的结果。还有孙承宗，在京畿、宣府工地伙食中，推广了辣椒。
三人都在此事中出力很多，但是主导的一直是天启，他们也立刻很谦虚地表示这是陛下和大明主导，他们只是尽力发挥些优势。
大明皇家科学院中，之前对于自然科学和社会科学已经在关注，但是仍聚焦在数学、力学、武器和航海方面，农业和畜牧有些发展，但是专门的研究还是少。
其实此时正是小寒季，农业和畜牧业其实影响很大。
但是还没有到了最严重的时候，十五年后才是最严重的时期，作为穿越者的朱由校必须提前拿出应对措施。
这回专门在大明皇家科学院下属，设立农牧研究部，专门研究、培育、引种和推广辣椒、玉米、红薯、土豆、花生和南瓜这几类美洲作物。
红薯、土豆、玉米、南瓜都是对气候适应性极强的农作物。
红薯传入最早，也适应最快。万历二十一年，由福建商人陈振龙冒着生命危险，把番薯藤从艾斯板鸭统治的吕宋带回福建。后来巡抚金学增又大力推广。
紧接着番薯在广东福建得到了越来越多农民的喜欢，贫瘠的山地也照样能丰产，当然对肥力消耗较大，这倒是后话。
万历末年，江南地区水患严重，粮食产量大减，徐光启于是从福建把甘薯带回到上海，并推广到江苏种植，取得了很好的赈灾效果。
番薯的大名很快在大江南北家喻户晓。
此后徐光启想尽快把红薯向黄河流域推广，培养爱寒品种，他决定在山东、北京以南也不能晚于五年种植。
他发现红薯在少雨、干旱、寒冷地区种植很困难，直到现在还培养不出适合干旱、寒冷地区的品种。
后来徐光启又让传教士从南洋带回了土豆种子。
因为南洋气温远高于华夏，首先在广东培育，然后又在福建的山区培育，逐渐向北方发展，计划最后在太行山比较干旱寒冷的山区培育新品种。
整个过程十分困难，由出芽率低、病变、产量低、个头小，逐渐向成活率高、产量高、抗病性强、个头大转换，虽然土豆引进的晚一些，但是适应的更快。
徐光启遇到的最大困难就是资金和支持者，凭借着毅力和信念他坚持下来了。
朱由校告诉他土豆能够代替粮食，更适合干旱、寒冷地区生长，无论是平原、山地都能适应，尤其是西北黄土高原的沟豁和九边更是土豆的高产区。
只不过土豆种子没有脱毒，后面会越来越差，所以土豆的培育任重道远，比红薯难很多很多。
不过还有南瓜呢~
自从跟葡萄牙、板鸭合作后，南瓜也被引入。
南瓜在南北都可种植，也是丘陵土地就能种，现在虽然刚开始在试验田试种，但未来几年就能推广下去。
徐光启自从有朱由校支持干劲十足，这次招募了助手和实验与培育人员，还有了研究基地和组织机构。
还有一些荒地大量种植苜蓿，将来沟豁适合种植土豆、玉米、南瓜，提倡圈养牲畜，限制放牧。
黄克缵、徐光启也增加一些科学方面的实权，增加一些皇家试验田给他们发挥。